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May 20, 2023

Natura volume 612, pagine 283–291 (2022)Citare questo articolo

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Le epoche del Pliocene superiore e del Pleistocene inferiore, comprese tra 3,6 e 0,8 milioni di anni fa1, avevano climi simili a quelli previsti per il riscaldamento futuro2. Le registrazioni paleoclimatiche mostrano una forte amplificazione polare con temperature medie annuali di 11–19 °C superiori ai valori contemporanei3,4. Le comunità biologiche che popolarono l’Artico in questo periodo rimangono poco conosciute perché i fossili sono rari5. Qui riportiamo un antico record ambientale di DNA6 (eDNA) che descrive i ricchi assemblaggi di piante e animali della formazione Kap København nella Groenlandia settentrionale, datato a circa due milioni di anni fa. I reperti mostrano un ecosistema di foresta boreale aperta con vegetazione mista di pioppi, betulle e tuia, nonché una varietà di arbusti ed erbe artiche e boreali, molti dei quali non erano stati precedentemente rilevati nel sito da reperti di macrofossili e polline. La documentazione del DNA conferma la presenza di lepre e DNA mitocondriale di animali tra cui mastodonti, renne, roditori e oche, tutti ancestrali ai loro parenti attuali e del tardo Pleistocene. La presenza di specie marine tra cui il granchio a ferro di cavallo e le alghe verdi supportano un clima più caldo di oggi. L'ecosistema ricostruito non ha analoghi moderni. La sopravvivenza di un eDNA così antico è probabilmente legata al suo legame con le superfici minerali. Le nostre scoperte aprono nuove aree di ricerca genetica, dimostrando che è possibile tracciare l’ecologia e l’evoluzione delle comunità biologiche di due milioni di anni fa utilizzando l’antico eDNA.

La formazione Kap København si trova a Peary Land, Groenlandia settentrionale (82° 24′ N 22° 12′ W) in quello che oggi è un deserto polare. La sequenza deposizionale superiore contiene resti di animali e piante terrestri ben conservati trascinati in un estuario durante un ciclo interglaciale del Pleistocene inferiore più caldo7 (Fig. 1). Quasi 40 anni di ricerche paleoambientali e climatiche sul sito forniscono una prospettiva unica su un periodo in cui il sito era situato nell'ecotono artico boreale con temperature minime medie estive e invernali ricostruite rispettivamente di 10 ° C e −17 ° C, più di 10 °C più caldi degli attuali7,8,9,10,11. Queste condizioni devono aver determinato una sostanziale ablazione della calotta glaciale della Groenlandia, producendo probabilmente uno degli ultimi intervalli liberi dai ghiacci7 negli ultimi 2,4 milioni di anni (Myr). Sebbene la Formazione Kap København sia nota per produrre macrofossili ben conservati provenienti da una foresta boreale di conifere e una ricca fauna di insetti, sono state trovate poche tracce di vertebrati. Ad oggi, questi comprendono resti di generi lagomorfi, i loro coproliti e coleotteri Aphodius, che vivono dentro e su sterco di mammiferi10,11. Tuttavia, il letto di Fyles Leaf e il Beaver Pond, risalenti a circa 3,4 milioni di anni fa, sull'isola di Ellesmere nel Canada artico, conservano fossili di mammiferi che potenzialmente avrebbero potuto colonizzare la Groenlandia, come l'orso estinto (Protarctos abstrusus), i castori estinti (Dipoides sp.), il piccolo l'Eucione canino e le cameline giganti artiche4,12,13 (simili a Paracamelus). Se lo Stretto di Nares fosse una barriera sufficiente per isolare la Groenlandia settentrionale dalla colonizzazione di questa fauna rimane una questione aperta.

UN. Posizione della formazione Kap København nella Groenlandia settentrionale all'ingresso del fiordo dell'Indipendenza (82° 24′ N 22° 12′ W) e posizioni di altri siti fossili artici del Plio-Pleistocene (punti rossi). b, Distribuzione spaziale dei resti erosivi della successione spessa 100 m di sedimenti marini poco profondi vicino alla costa tra Mudderbugt e le basse montagne verso nord (a + b si riferisce alla posizione 74a e 74b). c, Divisione glaciale-interglaciale della successione deposizionale del Membro argilloso A e delle unità B1, B2 e B3 che costituiscono il Membro sabbioso B. Gli intervalli di campionamento per tutti i siti sono proiettati sulla successione sedimentaria della località 50. Log sedimentologico modificato dopo il rif. 7. I numeri cerchiati sulla mappa indicano i siti campione per le analisi del DNA ambientale, la datazione assoluta delle sepolture e il paleomagnetismo. I siti numerati si riferiscono a pubblicazioni precedenti7,10,11,14,61.

0.25. For the initial Kraken 2 search, we used a coarse database created by the taxdb-integration workflow (https://github.com/aMG-tk/taxdb-integration) covering all domains of life and including a genomic database of marine planktonic eukaryotes63 that contain 683 metagenome-assembled genomes (MAGs) and 30 single-cell genomes (SAGs) from Tara Oceans77, following the naming convention in Delmont et al.63, we will refer to them as SMAGs. Reads labelled as root, unclassified, archaea, bacteria and virus were refined through a second Kraken 2 labelling step using a high-resolution database containing archaea, bacteria and virus created by the taxdb-integration workflow. We used the same Kraken 2 parameters and filtering thresholds as the initial search. Both Kraken 2 databases were built with parameters optimized for the study read length (--kmer-len 25 --minimizer-len 23 --minimizer-spaces 4)./p> 25 using samtools90. This produced 103,042, 39,306, 91,272, 182 and 129 reads for Salix, Populus, Betula, Elephantidae and Capreolinae, respectively./p> 200. To determine the approximate age of our recovered mastodon mitogenome we performed a molecular dating analysis with BEAST47 v1.10.4. We used two separate approaches when dating our mastodon mitogenome, as demonstrated in a recent publication92. First, we determined the age of our sequence by comparing against a dataset of radiocarbon-dated specimens (n = 13) only. Secondly, we estimated the age of our sequence including both molecularly (n = 22) and radiocarbon-dated (n = 13) specimens using the molecular dates previously determined92. We utilized the same BEAST parameters as Karpinski et al.92 and set the age of our sample with a gamma distribution (5% quantile: 8.72 × 104, Median: 1.178 × 106; 95% quantile: 5.093 × 106; initial value: 74,900; shape: 1; scale: 1,700,000). In short, we specified a substitution model of GTR+G4, a strict clock, constant population size, and ran the Markov Chain Monte Carlo chain for 50,000,000 runs, sampling every 50,000 steps. Convergence of the run was again determined using Tracer./p> 100). We also verified that the resulting MCC tree from TreeAnnotator47 had placed the ancient sequence phylogenetically identically to pathPhynder62 placement, which is shown in Extended Data Fig. 9. For our major results, we report the uniform ancient age prior, and the GTR+G4 model applied to each of the four partitions. The associated XML is given in Source Data 3. The 95% HPD was (2.0172,0.6786) for the age of the ancient Betula chloroplast sequence, with a median estimate of 1.323 Myr, as shown in Fig. 2./p>

2.0.CO;2" data-track-action="article reference" href="https://doi.org/10.1130%2F0091-7613%281985%2913%3C542%3AFAEFNG%3E2.0.CO%3B2" aria-label="Article reference 16" data-doi="10.1130/0091-7613(1985)132.0.CO;2"Article ADS Google Scholar /p>